Der Urin der Patienten war normal und eine Infektion war nicht die Hauptursache für eine Blasenwandfibrose. Einige Wissenschaftler glauben, dass eine durch eine Operation oder Infektion im Beckenbereich verursachte Lymphobstruktion die Ursache ist, aber viele Patienten haben keine solche Vorgeschichte. Andere Wissenschaftler haben vorgeschlagen, dass es sich um eine Thrombophlebitis handelt, die mit einer akuten Infektion der Blase oder der Beckenorgane einhergeht, oder um einen langfristigen Spasmus kleiner Arterien, der durch psychischen Stress verursacht wird, und dass es auch mit endokrinen Faktoren zusammenhängen könnte. Umfangreiche Hinweise deuten darauf hin, dass es sich bei der interstitiellen Zystitis um eine autoimmune Kollagenerkrankung handelt. Die Rolle von Mastzellen und Aminosäureglykosiden der Blasenoberfläche bei interstitieller Zystitis hat Aufmerksamkeit erregt, und einige Forscher führen derzeit Studien in diesem Bereich durch.
Bei Patienten kommt es häufig über einen längeren Zeitraum zu zunehmender Häufigkeit des Wasserlassens, Harndrang und Nykturie. Schmerzen im suprapubischen Bereich sind bei gefüllter Blase erheblich, manchmal können auch Harnröhren- und Dammschmerzen auftreten, die nach dem Wasserlassen gelindert werden. Gelegentlich kann eine Hämaturie auftreten, die ausgeprägter ist, wenn die Blase überfüllt und aufgebläht ist. Bei einigen Patienten kann es zu allergischen Erkrankungen in der Vorgeschichte kommen.
