Eine Zystoskopie unter Narkose kann eine interstitielle Zystitis diagnostizieren. Anfänglich sind Aussehen und Kapazität der Blase normal, doch nach dem Füllen, Entleeren und Wiederauffüllen der Blase werden häufig vereinzelte submuköse Blutungen beobachtet. Die Biopsie zeigt pathologische Veränderungen in der subepidermalen Schicht, einschließlich Ödemen, Stauungen, Teleangiektasien und perivaskulären interstitiellen Blutungen. Es kann auch dabei helfen, einige Karzinome in situ und tuberkulöse Läsionen auszuschließen. Bei einer lokalisierten Vulvitis sind kleine erythematöse Läsionen im lateralen Vestibulum des Jungfernhäutchens vorhanden, während die übrigen Läsionen normal sind.
Akute Zystitis geht auch mit Symptomen einer Blasenreizung wie häufigem Wasserlassen, Harndrang und Dysurie einher. Allerdings kommt es häufig zu einer terminalen Hämaturie und der Urin enthält eine große Anzahl weißer Blutkörperchen; In der Urinkultur werden Bakterien nachgewiesen. Eine Drüsenzystitis geht auch mit Symptomen einer Blasenreizung wie häufigem Wasserlassen, Harndrang und Dysurie einher. Allerdings kann eine Ultraschalluntersuchung eine Verdickung der Blasenwand oder raumfordernde Läsionen innerhalb der Blase aufdecken. Durch die Zystoskopie werden eher papilläre Strukturen als oberflächliche Geschwüre sichtbar, und eine Biopsie kann die Diagnose bestätigen. Blasentuberkulose kann sich auch als echtes Geschwür manifestieren und betrifft oft den Bereich um die Harnleitermündung auf der Seite der tuberkulösen Niere. Es kann zu Pyurie kommen und Tuberkelbazillen können im Urin gefunden werden. Die Bildgebung der Harnwege kann typische Veränderungen zeigen, die für eine Nierentuberkulose charakteristisch sind. Durch parasitäre Erkrankungen verursachte Blasengeschwüre ähneln einer interstitiellen Zystitis und treten im Allgemeinen häufiger bei Männern auf. Die Diagnose kann anhand des Vorhandenseins von Parasiteneiern im Urin oder anhand typischer pathologischer Merkmale der Blase gestellt werden. Eine unspezifische Zystitis geht selten mit Blasengeschwüren einher; Eiterzellen und infektiöse Bakterien finden sich häufig im Urin und eine Antibiotikabehandlung ist wirksam.
